Antes de que os romanos se asentasen nestas terras, existen indicios de que xa as poboaran os fenicios e os íberos, aínda que tamén se poden atopar indicios gregos e cartaxineses.
Cando se fixeron as obras de ampliación do porto de Pontecesures atopouse o que no pasado fora o antigo porto de Iria Flavia.
En canto ó significado etimolóxico de Pontecesures crese que pode gardar relación con CENSURIS, por ser aquí donde se facían os empadroamentos romanos.
Na época romana construíuse unha ponte para unir as dúas marxes do río, o cal foi reformado polo Mestre Mateo na Idade Media. Ainda que o seu aspecto actual débese ás obras de 1911.
O porto de Pontecesures tivo gran importancia, proba disto foi que en época do bispo Xelmírez construíronse aquí uns importantes esteleiros nos que se fabricou a Armada de Castela para loitar contra os Normandos e Sarracenos.
Outra proba de que foi un porto importante e a de que era o único porto con concesión real para a carga e descarga de sal, no século XV.
No ano 1795 o rei Carlos IV manda construir o almacén de Rentas Estancadas do Tabaco.
En 1881 o rey Alfonso XII concedeulle ó pobo o título de Vila de San Luis de Cesures.
Ata 1883 o municipio pertenceu o concello de Padrón e posteriormente ó de Valga, hasta que en 1925 se fixo independente.
